Las dos están aceptadas. Miren la explicación de la Rae:
pudrir(se). 1. ‘Descomponer(se) una materia orgánica’. Verbo irregular: v. conjugación modelo (→ apéndice 1, n.º 48). En el español medieval y clásico, debido a la existencia de dos formas en el infinitivo (podrir y pudrir), alternaban formas con u y formas con o en la raíz. En el español actual, quedan algunos restos de esta antigua variación. En la norma culta de España se emplean exclusivamente las formas con -u- en toda la conjugación: pudrir, pudría, pudrí, pudrirá, pudriría, etc.; la única excepción es el participio podrido.
En la norma culta de la mayor parte de América las formas con -u- son también las preferidas, pero en el infinitivo, así como, en menor medida, en algunas personas del presente, en el pretérito imperfecto o copretérito, el pretérito perfecto simple o pretérito, el futuro simple o futuro, el condicional simple o pospretérito y el imperativo, se admiten también las formas con -o- (podrir, podría, podrí, podrirá, podriría, etc.): «Has enflaquecido, pierdes el pelo, tus dientes comienzan a podrirse, tus cartílagos están inflamados» (Jodorowsky Pájaro [Chile 1992]).
Fuente: Diccionario panhispánico de dudas de la Real Academia Española
pudrir(se). 1. ‘Descomponer(se) una materia orgánica’. Verbo irregular: v. conjugación modelo (→ apéndice 1, n.º 48). En el español medieval y clásico, debido a la existencia de dos formas en el infinitivo (podrir y pudrir), alternaban formas con u y formas con o en la raíz. En el español actual, quedan algunos restos de esta antigua variación. En la norma culta de España se emplean exclusivamente las formas con -u- en toda la conjugación: pudrir, pudría, pudrí, pudrirá, pudriría, etc.; la única excepción es el participio podrido.
En la norma culta de la mayor parte de América las formas con -u- son también las preferidas, pero en el infinitivo, así como, en menor medida, en algunas personas del presente, en el pretérito imperfecto o copretérito, el pretérito perfecto simple o pretérito, el futuro simple o futuro, el condicional simple o pospretérito y el imperativo, se admiten también las formas con -o- (podrir, podría, podrí, podrirá, podriría, etc.): «Has enflaquecido, pierdes el pelo, tus dientes comienzan a podrirse, tus cartílagos están inflamados» (Jodorowsky Pájaro [Chile 1992]).
2. Para
hacer referencia a la acción y el efecto de pudrir(se), los sustantivos más
frecuentes en el uso actual son podredumbre y el cultismo
putrefacción. Con el mismo significado existen las formas, también
correctas, pudrición y pudrimiento. Las variantes 
pudredumbre, podrición y podrimiento son anticuadas y deben
evitarse en el uso actual.
pudredumbre, podrición y podrimiento son anticuadas y deben
evitarse en el uso actual.
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